Постоје три методе за програмирање ЦНЦ алатних машина: ручно програмирање, аутоматско програмирање и ЦАД/ЦАМ обрадни центар.
Ручно програмирање
Ручно програмирање укључује ручну анализу цртежа делова, техника обраде, извођење нумеричких прорачуна, писање програмских листа и унос и верификацију програма. Погодан је за машинску обраду-до-тачке или делове са релативно једноставном геометријом; међутим, то-заузима много времена и подложно је грешкама приликом програмирања сложених делова.
Аутоматско програмирање
Аутоматско програмирање користи рачунар или машину за програмирање да заврши процес креирања програма дела, што је веома згодно за сложене делове.
ЦАД/ЦАМ
ЦАД/ЦАМ софтвер се користи за постизање аутоматског програмирања на основу моделирања и слика. Најтипичнији софтвер је МастерЦАМ, који може да програмира операције глодања користећи две-осе, три-осне, четворо-осне и пето{4}}осне координатне системе, као и стругање и ЕДМ. Иако овај тип софтвера има ограничену функционалност, једноставан је за учење и релативно је јефтин.
